Загрязнение воздуха в г. Южно-Сахалинск очень высокое. Город более 20 лет относится к числу городов России с наибольшим загрязнением воздуха. Постоянно регистрируются достаточно высокие концентрации сажи (среднегодовая концентрация – 2 ПДК), формальдегида (5,3 ПДК) и бенз(а)пирена (5,4 ПДК). Особенно это характерно для холодного времени года, когда отмечается наибольшая повторяемость неблагоприятных для рассеивания примесей метеоусловий.

Одной из самых загрязненных рек о. Сахалин остается р. Охинка (г. Оха). В 2009 г. наблюдалось 8 случаев экстремально высокого загрязнения воды реки нефтепродуктами (от 72 до 528 ПДК); по одному случаю высокого загрязнения нефтепродуктами (34,4 ПДК) и свинцом (4,3 ПДК).

Качество морской воды и донных отложений в исследуемых акваториях (наблюдения проводились только в прибрежных акваториях Японского и Охотского морей) соответствовало уровню предыдущих лет и не выявило негативного воздействия производственных объектов, расположенных в зоне мониторинга.

Наибольшими объемами образования отходов характеризуются предприятия (млн. т): ООО “Сахалинуголь-2” (8,4); ООО «Запад-Уголь» (5,4); ОАО “Бошняковский угольный разрез” (5,1); ООО “Сахалинуголь-4” (2,6); ООО «Горняк-1» (1,9); ООО “Сахалинуголь-3” (1,5).

Отсутствие специализированных полигонов ТБО приводит к образованию свалок на всех доступных для транспорта территориях городов, сельских поселений, в рекреационных зонах и т. д.

На территории Сахалинской области действует долгосрочная целевая программа «Отходы производства и потребления Сахалинской области (2009–2015)».