Одним из главных направлений деятельности Росрыболовства в сфере сохранения и преумножения водных биоресурсов, пополнения видового разнообразия и сырьевых запасов объектов рыболовства, повышения продуктивности водоемов рыбохозяйственного значения является искусственное воспроизводство. Для достижения устойчивого функционирования рыбохозяйственного комплекса необходимо формирование комплексного подхода к государственному управлению водными биоресурсами, в том числе создание эффективной системы охраны водных биоресурсов. Средства федерального бюджета, направляемые на искусственное воспроизводство водных биоресурсов, не будут иметь должного эффекта без осуществления полномасштабных мероприятий по охране рыбных запасов.

Росрыболовством в 2009 г. осуществлялись комплексные исследования состава и численности ремонтно-маточных стад осетровых видов рыб на предприятиях различной формы собственности в Волжско-Каспийском и Азово-Черноморском рыбохозяйственных бассейнах. Ряд исследований был направлен на совершенствование комбинированной технологии формирования и эксплуатации ремонтно-маточных стад и получения посадочного материала русского осетра и белуги, на обоснование оптимальной численности и структуры данных стад на ближайшую перспективу.

В условиях негативного влияния на среду обитания различных направлений хозяйственной деятельности искусственное воспроизводство является эффективным, а во многих случаях основным источником пополнения водных биоресурсов. В целях дальнейшего развития и совершенствования воспроизводства водных биоресурсов необходимо строительство новых и реконструкция существующих рыбоводных заводов. В ведении Росрыболовства находится 82 рыбоводных завода, которые ежегодно выпускают в водные объекты рыбохозяйственного значения около 9 000 млн. штук молоди и личинок ценных, особо ценных и прочих видов водных биоресурсов. В 2009 г. планировался выпуск молоди ценных видов водных биоресурсов в объеме 9444 млн. штук, фактически выпущено 10 214 млн. штук (108,1% плана).

Воспроизводство частиковых видов рыб является самым массовым по отношению к другим видам и составляет наибольший объем выпуска молоди. Объем выпускаемой молоди судака, сазана, леща, воблы и тарани с нерестовых рыбоводных хозяйств Волжско-Каспийского и Азово-Черноморского рыбохозяйственных бассейнов в 2009 г. превысил 8000 млн. штук, что обеспечивает существенную часть добычи водных биоресурсов Южного федерального округа.

В условиях катастрофического снижения численности осетровых видов рыб в рыбохозяйственных водоемах первостепенная роль отводится их искусственному воспроизводству. На это направлена работа не только осетровых заводов Южного федерального округа, но и территориальных управлений Росрыболовства, отвечающих за контроль и надзор в сфере рыболовства. С целью обеспечения мероприятий по отлову производителей осетровых в Астраханскую область были откомандированы инспектора рыбоохраны из Калининградской, Ростовской, Архангельской областей. В связи с дефицитом производителей осетровых в 2009 г. не удалось добиться полной загрузки мощностей подведомственных Росрыболовству осетровых рыбоводных заводов: задания по искусственному воспроизводству осетровых выполнены всего на 51,7%, в бассейны Каспийского и Азовского морей выпущено 36,8 млн. штук молоди осетровых.

В 2009 г. Росрыболовство совместно с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти завершило работу над законопроектом “О сохранении, воспроизводстве, рациональном использовании осетровых видов рыб и регулировании оборота продукции из них” и направило его на рассмотрение в Правительство Российской Федерации.

Благодаря деятельности государственных и частных предприятий по искусственному воспроизводству тихоокеанских лососей уловы лососей заводского происхождения увеличились с 10 тыс. т в середине 1980-х годов до 30 тыс. т в последние годы. Плановые задания по искусственному воспроизводству лососевых в 2009 г. выполнены в полном объеме, в водные объекты рыбохозяйственного значения выпущено 837,6 млн. штук лососевых (104% плана). Пополнение промысловых запасов сиговых видов рыб в водоемах Сибири, Севера и Северо-Запада за счет искусственного воспроизводства осуществляется рыбоводными предприятиями в основном в счет государственных контрактов, заключаемых Росрыболовством в рамках государственного заказа. Выпуск молоди и личинок в 2009 г. составил более 970 млн. штук.