Качество атмосферного воздуха в Калининградской области оценивается как удовлетворительное.

Географическая особенность расположения области обуславливает дополнительное поступление оксидов азота и серы за счет трансграничного переноса загрязняющих веществ в атмосфере, превышающее собственные выбросы в 5–7 раз.

В рамках федеральной целевой программы «Развитие Калининградской области на период до 2010 года» и «Регионального плана действий по охране окружающей среды на 2003–2010 годы» в Калининградской области проводится реконструкция крупных котельных с переводом на газовое топливо, на отходы деревообработки; ликвидированы многочисленные мелкие котельные, снижен уровень загрязнения атмосферного воздуха.

В прибрежной зоне Балтийского моря Калининградской области показатели химического состава, качества и загрязнения воды варьировали в пределах среднемноголетних сезонных значений. Аварийных ситуаций, связанных с загрязнением Балтийского моря нефтепродуктами и другими веществам, не зафиксировано.

Качество воды в основных водотоках характеризуется следующим образом: р. Неман – «загрязненная»; р. Преголя – «очень загрязненная» – «грязная».

Основным источником загрязнения водных объектов области остается сброс недостаточно очищенных и неочищенных сточных вод от предприятий ЖКХ и промышленности, а также сброс неочищенных сточных вод через несанкционированные выпуски.

В области действуют 18 очистных сооружений (7 – биологической очистки), все они морально устарели, работают с низкой эффективностью по удалению азота и фосфора. Сточные воды г. Калининграда проходят только механическую очистку и через открытый канал сбрасываются непосредственно в Калининградский залив. Строительство городских очистных сооружений (две очереди) началось в 2009 г.

Общая длина побережья Балтийского моря в Калининградской области составляет 147,7 км, половина его (около 72 км) приходится на примыкающие к Самбийскому полуострову косы: Куршскую (49 км) и Балтийскую (25 км). Одним из наиболее важных водных объектов Калининградской области является Куршский залив – крупнейшая пресноводная полузакрытая лагуна Балтийского моря. Куршская коса вошла в Список всемирного наследия как российско-литовский «культурный ландшафт». Практически весь речной сток с территории области принимают два мелководных залива – Куршский и Калининградский (Вислинский). Постоянный вынос загрязняющих веществ с речным стоком из Литвы, Польши и Калининградской области приводит к ухудшению качества воды заливов.

В Калининградской области для водоснабжения используются подземные, поверхностные и нецентрализованные водоисточники. В местах водозабора из поверхностных источников не соответствовало по санитарно-химическим показателям 15,3% проб, по микробиологическим показателям – 9,1%.

Проблема утилизации и обезвреживания твердых бытовых и промышленных отходов является одной из актуальнейших для области. В связи с отсутствием на территории области полигона по утилизации промышленных токсичных отходов хранение их организовано на площадках временного накопления промышленных предприятий.

В Калининградской области в 2009 г. насчитывалось 33 мест для сбора и захоронения твердых бытовых и промышленных отходов ( 2008 г. – 39, 2007 г. – 46 полигонов).

На территории Калининградской области существует три особо охраняемые природные территории федерального значения: Национальный парк «Куршская коса», курорты федерального значения Зеленоградск и Светлогорск–Отрадное, а также 61 памятник природы регионального значения. В 2009 г. ООПТ не учреждались.

В Калининградской области принята и реализуется целевая программа «Экологическое оздоровление территории Калининградской области на 2008–2012 годы».