Основными источниками загрязнения атмосферного воздуха являются энергетические предприятия (Анадырская и Чаунская ТЭЦ, Эгвекинотская ГРЭС) и жилищно-коммунальное хозяйство. В городах Анадырь и Певек качество атмосферного воздуха соответствует нормам; превышений ПДК по определяемым показателям не зарегистрировано.

Все крупные реки округа относятся к классам «чистая» и «умеренно загрязненная». Сброс загрязненных сточных вод ухудшает качество воды рек Угольная, Первая Речка, Казачка, Большой Кепервеем, Малый Анюй, Лелювеем.

Удельный вес проб воды из источников централизованного питьевого водоснабжения, не отвечающих гигиеническим нормативам, составляет по санитарно-химическим показателям 20%, по микробиологическим – 3,7%.

Объем сброса сточных вод в поверхностные водные объекты в 2009 г. составил 23,04 млн. м³, в том числе 5,88 млн. м³ (25%) загрязненных сточных вод.

На территории Чукотского автономного округа действует 27 ООПТ различного уровня: федерального значения – государственный природный заповедник «Остров Врангеля», государственный природный охотничий заказник «Лебединый», природный парк «Берингия»; регионального значения – 3 государственных природных охотничьих заказника («Автоткууль», «Усть-Танюрерский» и «Чаунская губа»), 21 памятник природы. В 2009 г. новых ООПТ не создано.