В атмосферном воздухе г. Биробиджан в 2009 г. экстремально высоких уровней атмосферного воздуха не зарегистрировано. Уровень загрязнения воздуха в городе высокий, что обусловленного повышенным среднегодовым содержанием бенз(а)пирена (2,0 ПДК), формальдегида (2,3 ПДК).

Основной вклад в загрязнение атмосферного воздуха вносят 46 предприятий области, осуществляющих производство и распределение электроэнергии, газа и воды (11,7 тыс. т, или 58,5% выбросов стационарных источников).

По качеству воды реки Хинган (у г. Облучье), Кульдур и Тунгуска отнесены к классу «очень загрязненная»; реки Хинган (у. пос. Хинганск0, Малая и Большая Бира – «грязная».

Еврейская автономная область расположена в бассейне р. Амур, состояние которого оценивается как критическое. Амур является одной из наиболее загрязненных рек России. За последние 15 лет класс качества воды в реке Амур изменялся от «умеренно грязная» до «очень грязная».

Угрозу экологической безопасности региона представляет значительное антропогенное воздействие на природную среду со стороны Китая. При высоких темпах промышленного освоения приграничных территорий и интенсивном развитии сельского хозяйства происходит загрязнение вод р. Амур неочищенными сточными водами, осушаются и распахиваются болота, уничтожаются леса по берегам рек, загрязняются почвы.

Сброс сточных вод в поверхностные водоемы в 2009 г. осуществлялся через 24 выпуска 20 постоянно действующих очистных сооружений. Практически все данные сооружения производят очистку хозяйственно-бытовых стоков, только 3 предприятия имеют очистные сооружения для очистки производственных стоков (Локомотивное депо ст. Облучье, ФГУ комбинат Горки, ООО ГМК «Восточная»). Помимо очистных сооружений, сброс сточных вод без очистки в водный объект осуществляют 10 предприятий области (14 выпусков).

Основным источником загрязнения поверхностных водных объектов является жилищно-коммунальное хозяйство.

Удельный вес проб воды из источников централизованного питьевого водоснабжения, не отвечающих гигиеническим нормативам, составляет по санитарно-химическим показателям 13,2%, по микробиологическим – 3,1%.

Основными источниками образования отходов являются (тыс. т): СП «Биробиджанская ТЭЦ» филиала «ХТСК ОАО «ДГК» (46,0); ООО «Спецкомбинат» (19,6); ООО «Дорожное строительство» (6,7).

Общая площадь ООПТ составляет 424,7 тыс. га, или 11,7% территории области, в том числе областного значения – 332,9 тыс. га (9,1%). В 2009 г. новые особо охраняемые природные территории не учреждены.