В 2009 г. случаев экстремально высокого и высокого уровней загрязнения атмосферы на территории Хабаровского края не зарегистрировано. Уровень загрязнения атмосферного воздуха в городах Хабаровск, Комсомольск-на-Амуре, п.г.т. Чегдомын оценивается как высокий. Приоритетными загрязняющими веществами являются бенз(а)пирен и формальдегид.

По-прежнему реки бассейна р. Амур испытывают большую антропогенную нагрузку. Основными источниками загрязнения поверхностных вод остаются береговые объекты речного флота, золотодобывающие предприятия и промышленные центры, угледобывающие предприятия, железнодорожный транспорт, предприятия мясной и молочной промышленности, объекты коммунального хозяйства.

Кроме того, на качество воды р. Амур продолжала оказывать негативное воздействие р. Сунгари. Ее водосбор целиком находится на территории Китая: загрязненность р. Сунгари формируется под влиянием сброса сточных вод от населенных пунктов и поверхностного стока с территории, активно используемой сельскохозяйственными предприятиями.

В 2009 г. по итогам гидрохимических наблюдений было выявлено 100 случаев высокого и 29 случаев экстремально высокого загрязнения поверхностных вод на территории Хабаровского края.

В основном качество воды водных объектов соответствовало категории «грязная»; рек Березовая и Черная – «экстремально грязная». Вода рек Подхоренок, Хор, Амурская протока и Тумнин оценивалась как «очень загрязненная».

В 2009 г. удельный вес нестандартных проб воды по санитарно-химическим показателям составил 14,8% (2008 г. – 13,3%), по микробиологическим показателям – 42% (47,1%).

В Хабаровском крае 12 ООПТ федерального значения (6 государственных природных заповедников, национальный парк и 5 государственных природных заказников), а также 87 ООПТ краевого значения. Постановлением Правительства Хабаровского края в связи с учреждением национального парка "Анюйский" в Нанайском муниципальном районе упразднен государственный комплексный биологический (охотничий) заказник краевого значения "Пихца".