На территории Республики Башкортостан мониторинг атмосферного воздуха осуществляется государственным учреждением «Башкирское управление по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды» (ГУ «Башкирское УГМС») в пяти городах: Благовещенск, Салават, Стерлитамак, Туймазы и Уфа.

В Благовещенске, Уфе, Стерлитамаке, Туймазах уровень загрязнения воздуха характеризуется как высокий, Салавате – повышенный. Среднегодовые концентрации выше ПДК наблюдались: по бенз(а)пирену в 5 городах, формальдегиду в 4 городах (кроме г. Благовещенск), диоксиду азота – в городах Стерлитамак и Благовещенск, взвешенных веществ – в г. Туймазы.

Уменьшение объема выбросов на ОАО «Уфимский нефтеперерабатывающий завод» связано с выполнением ряда природоохранных мероприятий: ввод установки автоматизированного герметичного налива светлых нефтепродуктов в железнодорожные цистерны; прекращение сжигания мазута в топливопотребляющих установках; проведение реконструкции водоблоков, включающей ликвидацию железобетонных нефтеловушек с открытой поверхностью.

В ОАО «Ново-Уфимский нефтеперерабатывающий завод» за счет оборудования сырьевых резервуаров алюминиевыми понтонами сокращены выбросы углеводородов на 0,886 тыс. т.

Оснащение резервуара понтоном в товарном производстве на ОАО «Уфанефтехим» позволило сократить выбросы углеводородов на 0,13 тыс. т.

За отчетный год на ОАО «Сода» продолжены работы по переводу топливопотребляющих установок на сжигание природного газа.

На теплоэлектроцентралях республики внедрен ряд природоохранных мероприятий по снижению негативного воздействия на атмосферный воздух: прекращение сжигания мазута на Салаватской ТЭЦ; внедрение автоматизации режима горения на Уфимской ТЭЦ-1, Уфимской ТЭЦ-4; уплотнение газоходов паровых котлов на Уфимской ТЭЦ-4, Уфимской ТЭЦ-3.

В республике успешно осуществляется газификация автотранспорта. По состоянию на начало 2010 г. в Башкортостане насчитывается более 83 тыс. газобаллонных автомобилей и 104 автомобильных газозаправочных станций (АГЗС).

Качество воды наблюдаемых водных объектов республики по комплексу основных загрязняющих веществ в основном оценено в диапазоне «грязная» – «очень загрязненная».

В Республики Башкортостан в 2009 г. были реализованы следующие наиболее крупные водоохранные мероприятия: МУП «Уфаводоканал» – пущены в эксплуатацию цех механического обезвоживания и сушки осадка, сооружения механической очистки сточных вод (затраты – 306,8 млн. руб.); ОАО «Каустик» – капитальный ремонт и реконструкция действующих биологических очистных сооружений (освоено 45,1 млн. руб.); Полянское ЛПУ МГ ООО «Газпром трансгаз Уфа» – модернизация и реконструкция очистных сооружений (затраты – 21,01 млн. руб.); ОАО «Салаватнефтеоргсинтез» – замена труб в аэротенке на биологических очистных сооружениях (4,0 млн. руб.); ОАО «Учалинский ГОК» – реконструкции хвостового хозяйства, которое также позволит увеличить повторное использование воды и предотвратить сброс загрязненных дренажных вод (53,6 млн. руб.); другие мероприятия.

Количество мест организованного захоронения отходов – 2500 общей площадью 2716,1 га, из них 33 отвечают действующим нормативам (в полном объеме).

Основными источниками образования отходов являются (млн. т): ОАО «Башкирская медь» (19,6); ОАО “Учалинский ГОК” (8,6); ОАО “Башкирский медно-серный комбинат” (2,1 млн. т).

В 2009 г. осуществлялись мероприятия Республиканской целевой программы «Экология и природные ресурсы Республики Башкортостан (на 2004–2010 годы и на период до 2015 года)»