В 2009 г. мониторинг загрязнения атмосферного воздуха осуществлялся в 5 населенных пунктах Забайкальского края на 9 стационарных постах наблюдений. Уровень загрязнения воздушного бассейна остается очень высоким в г. Чита (среднегодовая концентрация бенз(а)пирена превысила ПДК почти в 6 раз, формальдегида – в 4 раза, взвешенных веществ (пыли) – в 2 раза) и в г. Петровск-Забайкальский (бенз(а)пирен – 5,5 ПДК). Города Краснокаменск, Нерчинск имеют повышенный уровень загрязнения атмосферы.

В течение 2009 г. на территории Забайкальского края было зарегистрировано 4 случая экстремально высокого загрязнения поверхностных вод на следующих водных объектах: на протоке Прорва (р. Аргунь) дважды наблюдался глубокий дефицит растворенного кислорода (содержание кислорода 1,77 и 1,88 мг/дм³); содержание линдана в водах рек Шилка и Ингода составило 25 ПДК. За год произошло 13 случаев высокого загрязнения воды.

Вода 13 водных объектов характеризовалась как «загрязненная» – «очень загрязненная»; 21 водного объекта – «грязная»; р. Шилка у г. Шилка – «очень грязная».

Источниками питьевого водоснабжения в Забайкальском крае являются подземные и поверхностные воды. В 2009 г. эксплуатировалось 316 источника централизованного водоснабжения. Удельный вес проб воды из источников централизованного водоснабжения, не соответствующих гигиеническим нормативам по санитарно-химическим показателям, остается высоким и составляет 12,7% (2008 г. – 17,6%), по микробиологическим показателям понизился в 1,1 раза (с 2,4% в 2008 г. до 2,2% в 2009 г.).

Весь объем сточных вод ООО “Читауголь”, разрез Восточный сбрасывается без очистки. Сточные воды данной категории сбрасывают также Приаргунский ПГХО (2,1 млн. м³); филиал ОАО "ОГК-3" "Харанорская ГРЭС" (1,7 млн. м³).

В крае имеется 630 объектов размещения отходов производства и потребления, из которых 18 объектов имеют разрешительную документацию, 410 – санкционированные свалки. Площадь, занимаемая местами организованного захоронения, составляет 724,0 га.

В пределах Забайкальского края выделены два государственных природных заповедника (Цасучейский бор, Буркальский) и национальный парк “Алханай” федерального значения, а также 15 заказников и 64 памятника природы.