Наиболее значимое влияние на состав атмосферного воздуха области оказывают предприятия, производящие электро- и теплоэнергию, и добывающие предприятия. Удельный вес их выбросов в общем объеме составил соответственно 66 и 26%. Доля выбросов организаций г. Магадана (6,1 тыс. т) в общем объеме выбросов составила 25%. Город Магадан занесен в Приоритетный список городов с очень высоким уровнем загрязнения атмосферы.

Основными источниками поступления загрязняющих веществ в поверхностные воды бассейна р. Колыма являются сточные воды предприятий золотодобывающей промышленности, жилищно-коммунального хозяйства, а также поверхностный сток с территорий населенных пунктов, территорий, подвергшихся разработкам золотодобычи, в периоды половодья и паводков, природные факторы формирования состава поверхностных и подземных вод. Наиболее загрязненной в 2009 г. была вода Колымы у пос. Усть-Среднекан (класс – «грязная»).

Основными источниками загрязнения рек Охотского побережья являются сточные воды жилищно-коммунального хозяйства, поверхностный сток с территорий населенных пунктов.

Объем сброса загрязненных сточных вод в поверхностные водные объекты по сравнению с 2008 г. уменьшился на 0,72 млн. м³ (2,4%) и составил 29,0 млн. м³, объем нормативно очищенных сточных вод на сооружениях очистки – на 0,13 млн. м³ (22,8%) и составил 0,44 млн. м³ в связи с неудовлетворительной работой очистных сооружений.

Действующая в области система водоснабжения населения находится в неудовлетворительном состоянии. Инженерные сооружения и распределительные системы водоснабжения повсеместно характеризуются большой степенью износа и являются источниками вторичного химического и микробиологического загрязнения воды, подаваемой для питьевых целей.

Без очистки сбрасывают сточные воды г. Сусуман, пос. Ягодное, пос. Талая; частично г. Магадан. Очистные сооружения механической очистки в г. Магадана и пос. Оротукан, сооружения биологической очистки в поселках Палатка, Сокол, Снежный,Усть-Омчуг не обеспечивают очистку сточных вод до нормативов.

Магадан является одним из немногих областных центров, где нет очистных сооружений биологической очистки, очистные сооружения механической очистки не обеспечивают нормативной очистки. Недостаточно очищенные сточные воды сбрасываются в бух. Гертнера Охотского моря, загрязняя прилегающую акваторию.

На территории Магаданской области имеются ООПТ: государственный природный заповедник федерального значения «Магаданский» (площадь 883,8 тыс. га); памятник природы федерального значения «Остров Талан» (152 га); 10 заказников регионального значения; 23 памятника природы регионального значения; 6 памятников природы местного значения.