Средние за период отбора и среднемесячные концентрации по всем определяемым ингредиентам в городах республики не превышали уровня допустимых норм. Этому способствуют рельеф местности и климатические условия, благоприятные для рассеивания примесей, т. е. зона низкого потенциала загрязнения атмосферы

Характерными загрязняющими веществами водных объектов являются соединения железа, марганца, меди, а также легкоокисляемые органические вещества по БПК₅, нитриты, фенолы и нефтепродукты.

Основная масса загрязняющих веществ поступает в бассейны рек в районах, где сконцентрировано большинство промышленных предприятий и жилищно-коммунальных хозяйств, которые являются основными загрязнителями водных объектов.

Крупнейшими загрязнителями водных объектов являются ОСК предприятий коммунального хозяйства. Ниже сброса сточных вод с очистных сооружений (р. Малая Кокшага ниже г. Йошкар-Ола; р. Сердяжка ниже н.п. Сернур; р. Параньгинка ниже н.п. Параньга; р. Немда ниже н.п.Куженер; р.Ронга ниже н.п.Советский; р.Ноля ниже д. Кирла) ухудшается качество вод, что вызвано изношенностью, малой мощностью очистных сооружений, несовершенством конструкций и технологии очистки.

Доля подземных вод в общем балансе хозяйственно-питьевого водоснабжения населения Республики Марий Эл составляет 86–100%, причем поверхностные воды для питьевого водоснабжения используются только в городах Йошкар-Ола (14%) и Волжск (8%), главным образом, с разбавлением подземными водами

Увеличение сброса загрязненных сточных вод связано с тем, что МУП «Водоканал» г. Волжск не обеспечило нормативную очистку поступающих сточных вод и условно-чистые воды котельных филиала ООО «Марикоммунэнерго» Звениговские тепловые сети переведены в категорию недостаточно очищенных.

Эффективность очистки сточных вод на очистных сооружениях канализации республики недостаточная по следующим причинам: износ очистных сооружений канализации (МУП «Коммунальные услуги» д. Косолапово, МУП «Сернурводоканал»), отсутствие биологической очистки (МУП «Новоторъяльский водоканал»).

Всего для приема и захоронения отходов в республике имеется 157 свалок ТБО, в том числе полигон промотходов НПК "Эколог" и полигон депонирования иловых осадков МУП "Водоканал", г. Йошкар-Ола. Общая площадь земель, занятая под свалками и полигонами, – 209,82 га.

В 2009 г. на свалки и полигоны вывезено 328 тыс. т отходов (в том числе 31,1 тыс. т иловых осадков, вывезенных на полигон депонирования иловых осадков). Поступило отходов на наиболее крупные свалки: г. Йошкар-Ола – 87,7 тыс. т, г. Волжскаа – 25,7 тыс. т, г. Козьмодемьянскаа – 9,5 тыс. т, пг. Медведево – 1,8 тыс. т, пгт Сернур – 3,1 тыс. т, пг. Советский – 6,3 тыс. т. В большинстве муниципальных образований состояние районных свалок можно оценить как несоответствующее требованиям СП 2.1.7.1038-01 «Гигиенические требования к устройству и содержанию полигонов для твердых бытовых отходов». Требует решения вопрос строительства новых полигонов ТБО в городах Козьмодемьянск и Волжск. В района необходимо наладить систему мониторинга за состоянием окружающей среды на территориях свалок и их санитарно-защитных зон.

Основными отходообразующими предприятиями республики являются: ОАО "МЦБК" (отходы коры, опилки, отходы целлюлозного волокна), Филиал ФГУП «Росспиртпром» "Фокинский ЛВЗ" (спиртовая барда), предприятия по механической и биологической очистке сточных вод (ил, осадок из песколовок, отходы с решеток КНС и ОСК), предприятия сельского хозяйства и переработки сельхозпродукции (помет, навоз, отходы очистки зерна, молочная сыворотка).

Действующая сеть особо охраняемых природных территорий Республики Марий Эл состоит из двух ООПТ федерального значения (национальный парк «Марий Чодра», государственный природный заповедник «Большая Кокшага») и ООПТ республиканского значения (8 государственных природных заказников, 38 памятников природы и ботанический сад).

Общая площадь ООПТ составляет 95,9 тыс. га, в том числе 58,4 тыс. га ООПТ федерального значения.