На территории Пинежского заповедника, а также в пределах его охранной зоны и памятника природы «Голубинский карстовый массив» завершен ежегодный учет численности особей 5 видов растений, занесенных в Красную книгу России. Наблюдения проводились сотрудниками заповедника с начала июня до середины июля на 43 постоянных площадях и точках наблюдений. Пешими и водными маршрутами пройдено более 170 км. Первой из редких видов в заповеднике зацветает калипсо луковичная. К сожалению, численность вида продолжает падать, в 2023 г. на всех стационарных площадях отмечено только 136 особей, что составляет всего четверть от максимальной численности вида, отмечавшейся в начале текущего столетия. Разногодичные колебания численности башмачка настоящего достаточно велики. В начале мониторинга наблюдалась тенденция увеличения численности вида, с 1997 по 2015 г. число особей на площадях увеличилась с 1231 до 2504. В последние годы наблюдается тенденция к снижению численности вида, число особей, не превышает 2100. В настоящее время известно только одно местопроизрастания качима пинежского в заповеднике. Несколько ранее известных его местообитаний на склонах долины р. Сотки засыпано гипсовыми осыпями.